Puskesmas Pasar Prabumulih berdiri pada tahun 1994, pada saat itu Puskesmas Pasar Prabumulih merupakan Puskesmas Pembantu yang menginduk pada Puskesmas Prabumulih Barat. Pada awalnya wilayah kerja Puskesmas Pasar Prabumulih hanya terdiri dari 3 wilayah kerja yaitu Kelurahan Mangga Besar, Pasar I dan Pasar II.

Sesuai dengan perkembangan kota dan penduduk pada tahun 2007, Puskesmas Pasar Prabumulih mempunyai 5 wilayah kerja. Disamping tiga wilayah yang sudah ada, ditambah 2 wilayah kerja Puskesmas Pasar Prabumulih yaitu Kelurahan Wonosari dan Anak Petai.

Sejak awal berdiri Puskesmas Pasar Prabumulih sampai dengan sekarang, Puskesmas Pasar Prabumulih sudah dipimpin oleh beberapa Kepala Puskesmas, yaitu

1. dr. Happy Tedjo                     Tahun 1994 – 2000

2. dr. Lazuardi                            Tahun 2000 – 2004

3. Rita Theresia, SKM                 Tahun 2004 – 2006

4. dr. Agustina                            Tahun 2006 – 2007

5. Eti Agustina, SKM, M.Kes        Tahun 2007 – 2011

6. dr. Ade Nur Ichklas                 Tahun 2011 – 2015

7. dr. H.Iriyadi                             Tahun 2015 – Mei 2019

8. dr. Atik Pradiliyana                  Mei 2019 - Mei 2022

9. Yuli Susanti, SKM                     Juni 2022 – Sekarang